员工档案管理系统可以有效防止造成物力资源、人力资源配置等方面的耗费，使企业的人力资源优化配置工作中越来越系统化、规范性、自动化，从而提高管理效率的目的。员工档案管理系统也是企业管理转型升级的助推器。
每个企业都管理着员工的大量档案资料，从入职开始，一般会有：员工应聘入职登记表、员工身份证复印件、岗位必须的职业资格复印件、原单位离职证明、健康证明、经公司及员工签字确认的员工入职定薪调薪表、劳动合同等。员工本人的个人信息，毕业证件、联系信息、社会关系档案，还有在职期间会产生调岗、考评、体检等记录，都需要完整的保存下来。
另一方面，员工档案的管理是一个动态的过程，因为员工的资料需要及时更新。随着计算机的普及，使用人才档案管理系统建立员工电子档案，更有利于企业在人员信息的查询和管理。例如：员工住址、紧急联系人等类的基础信息。
企业人员的流动、调任等人事也需要有一个规范的管理，除基础信息外还有员工各种在职信息：调岗、晋升、调薪依据、绩效反馈表、奖惩记录等等这些都是在进行动态管理，只要员工的信息有变更，员工人事档案就应该实时更新，否则就失去员工人事档案的意义，一旦风险发生不用总跑去问专家，没有考核怎么与员工解除劳动合同了。
员工人事管理档案极为重要，必须重视，原因在于可降低用工风险，提升胜诉率；为其他人事管理工作提供重要依据；公司人事管理提供风险评估的依据；也是企业寻求管理转型升级的重要组成部分。